巴沟站是地铁10号线的始发站，因临近海淀区的巴沟村而得名。
历史上巴沟附近是个多泉水的地带，其东南侧的万泉庄一带更是水源丰富，这些泉水多由南向北而流，注入万泉河，其中沟渠最大的有八条，人们在水边台地上聚落成村后称八沟村。《长安客话》中云：“北淀之水来自巴沟，或云巴沟即南淀也。”大约在明代时“八沟”被谐音为“巴沟”。上个世纪50年代以前这里的泉水仍能分出八条渠沟北流汇入万泉河。后因地下泉水枯竭而使八条渠沟里的水流中断，渠沟被逐渐填平，改为农田，最后只留下巴沟村这一地名。
近十几年来，随着这一地区的开发建设，一个新的地名：“万柳”，逐渐被人们所熟悉，而“巴沟”这个老地名变得有些陌生，所以在此设置地铁车站时，最初叫“万柳站”。后来站名公示时，有人提议称“巴沟站”更为贴切，虽然俗了些，但却是老北京留下不多的历史符号之一，最具地域特色。